Les conditions d'exploitation du CFCO se détériorent à partir de 1990. L'entreprise est dans une position de quasi-cessation de paiement, avec pour conséquences une pénurie de matériel pour l'entretien de la voie et une absence de pièces de rechange pour la maintenance des locomotives.
À Mvoungouti, le 2 septembre 1990, une collision entre un train de voyageur et un train de marchandises fait cent morts et trois-cents blessés. Après cet accident et avec l'arrêt, en 1991, du transport de manganèse pour le compte de la société Comilog, l'exploitation du tronçon Mont-Bello-Mbinda, long de 285 km, est confiée au CFCO en 1993 par l'État Congolais. Le CFCO exploite donc à ce moment 885 km de réseau.
Entre 1998 et 2000 une guerre civile éclate au Congo. Le CFCO subit près de deux ans d'interruption de trafic et de lourdes pertes de matériels et d’équipements : six ponts sont détruits, le système de télécommunication est hors d’usage, le matériel roulant ainsi que plusieurs kilomètres de voie sont endommagés.
En janvier 2000, le gouvernement congolais décide la dissolution de l'A.T.C et le CFCO redevient une entité autonome. En 2000 commence la reconstruction des six ponts, la réhabilitation de la voie sur les tronçons endommagés, l'acquisition du matériel de télécommunication de dépannage. En 2001, pour relancer le trafic, le gouvernement investit plus de 6 -milliards de francs CFA, mais cette embellie est de courte durée. Une collision entre deux trains a lieu le 10 janvier 2001, à nouveau à Mvoungouti.
Le 25 août 2002, une trentaine de personnes sont blessées à la suite du « déraillement d’origine criminelle » d’un train de marchandises près de la gare de Loulombo. Le déraillement est dû à une attaque terroriste menée par des miliciens ninjas. Le trafic de la ligne est interrompu.
En janvier 2004, le trafic passager sur le CFCO reprend progressivement sous escorte armée, après plus d’un an d’interruption pour des raisons de sécurité. Un convoi composé de huit voitures de cent-dix places chacune quitte la gare ferroviaire de Brazzaville pour Pointe-Noire, escorté par des gendarmes et des miliciens Ninjas du chef rebelle,Frédéric Bintsamou alias Pasteur Ntoumi
Gare de Pointe-Noire
Entre 2005 et 2006, toutes les lignes sont rouvertes au trafic voyageurs et marchandises, tant sur l'ancien tracé du Mayombe que sur la ligne ex-Comilog. La réouverture et la rénovation d'une douzaine de gares et la remise en état de huit locomotives ont permis de remonter le trafic moyen. Mais, faute d'investissements lourds, le parc des locomotives passe de seize à dix et le trafic chute de 60 %.
Pour enrayer cette situation catastrophique, le gouvernement met en place, en 2006, un programme d'urgence de rénovation et de rééquipement du CFCO. Ce programme, élaboré en accord avec le Fonds Monétaire International et la Banque Mondiale, se résume en deux phrases : améliorer les infrastructures, acquérir du matériel roulant.
Le 23 juin 2010, à Yanga, à 60 km de Pointe-Noire, un train de voyageurs déraille, soixante-seize morts et six-cents blessés sont dénombrés. La vétusté du matériel roulant et des voies, les irrégularités et les insuffisances des trains figurent sur la longue liste des maux dont souffre le CFCO depuis les années 1990.
Le 11 août 2012, un nouveau train « Gazelle » est mis en service.
Le 18 avril 2014, à Brazzaville, le ministre de l’Aménagement du territoire annonce 200 milliards de FCFA destinés à la ligne de Mbinda. C'est la renaissance du Congo-Océan.
En avril 2015 l'achat de dix nouvelles locomotives, en provenance des États-Unis, vise à redynamiser le transport ferroviaire.
En novembre 2016, des troubles éclatent dans le Pool, trois ponts sont dynamités. Le trafic, totalement interrompu depuis cette date entre Pointe-Noire et Brazzaville est sur le point de reprendre. Les travaux de réparation des ponts détruits engagés en en 2017sont complètement achevés.